Spagyrische Essenzen werden aus unterschiedlichen Rohstoffen hergestellt - auch aus Arzneipflanzen. Ihre Zubereitung erfolgt in mehreren Stufen. So werden Pflanzenauszüge (Mazerate) häufig destilliert, die festen Rückstände werden anschließend verascht und dem Destillat wieder zugegeben. Ziel ist es, nach dem Verständnis der Spagyrik, an die Essenz der Pflanze zu gelangen und diese zur Anregung der Selbstheilungskräfte anzuwenden. Die Verfahren sind im homöopathischen Arzneibuch erfasst und standardisiert.
Heilpflanzen sind in der Regel auch als spagyrische Essenz erhältlich. Hier sind nur die Arzneipflanzen gelistet, die ausschließlich homöopathisch oder als spagyrische Essenz innerlich angewendet werden können.